登録したカテゴリでまだ商品が登録できていない、またはネットショップ運営上、シーズンなど時期的に一時使わないものを一時的に非表示にすることは可能でしょうか？
カテゴリを一時的に非表示にすることはできません。
非表示にする場合は、削除する方法のみとなります。
その他方法としては、
カテゴリの文字列を強制的に非表示にする方法がございます。
以下のスタイルを追加して下さい。（スタイルの追加方法は文末をご覧ください）
<style>
.category_list > ul.category > li:last-child {
display: none;
}
</style>
※このスタイルでは、一番下のカテゴリ名が非表示となります。
（現時点での御社のサイトの場合「シーズン」が非表示となります。
※表示を消すのみとなりますので、直接URLにアクセスすると表示されます。
また、商品ページのパンくずリストにも表示されます。
【補足】
一番上のカテゴリ名を非表示にする場合は、
上記スタイルを以下の様に変更して下さい。
last-child ⇒ first-child
その他のカテゴリ名を非表示にする場合は、
次の通りです。
last-child ⇒ nth-child([数字]）
例：3段目のカテゴリを非表示にする場合
⇒nth-child(3)
※二階層目以降を指定することはできませんので、
予めご了承ください。
スタイルの追加方法は、以下のURLをご参照くださいませ。
http://emshelp.easy-myshop.jp/c-item-detail?ic=add-style
⇒３で上記のスタイルを貼りつけてください。
※こちらのサイトは、上記以外のページが準備中となっております。