代金引換手数料の「お買い上げ金額による無料設定」で、入力した金額が、送料も含んだ合計額が対象となってしまっています。
これを、商品代金だけ対象という設定は可能でしょうか？
代金引換手数料にて、金額の対象を商品代金だけに変更することはできかねますので、以下の方法をご検討下さい。
・注文受付後に手数料を変更する
・送料が「全国一律」の場合、送料を除いた金額で、代金引換手数料を設定する
いづれの方法をご採用された場合でも、注文時に画面表示される手数料や送料の自動計算には反映されませんので、注意文を追記して頂く等の対応が必要がございます。
現実的な対応ではないかと思われますが、一度ご検討下さい。