受注商品の中に送料無料設定の商品があり、お買上げ金額は全商品送料無料ライン金額未満ですが、送料無料商品に同梱出来るため、送料をもらわない設定に変更してあげたいのですが、そんなこと受注処理や発送処理の段階で出来ますか？
受注・入金・発送待ち一覧画面（店長ナビ＞注文管理）を開き、対象の注文の[詳細]ボタンから変更が可能です。
送料の変更の場合は、[お届け先]欄にある[編集]ボタンを押すと注文商品や送料を変更する画面が表示されますので、こちらで対象となる送料を「0円」にするなどの変更して下さい。
（イージーペイメントクレジットカード決済経由の注文の場合、この変更と共にクレジットカード決済の金額も同時に変更となります）
※イージーペイメント以外の決済サービス連携の場合は、決済サービス側での金額変更も必要となりますのでご注意下さい。