PAYPALを利用した決済に対してだけ、数パーセントの手数料を乗せたいんですが、設定はどのように行えばいいでしょうか？
決済方法ごとに手数料を追加する設定はございません。
（NP後払いを除く）
以下の運用で回避していただく必要がございます。
PayPalのメール決済機能を使い、注文受付後に決済URLを案内し決済していただく方法です。
PayPalメール決済： https://www.paypal.com/jp/cgi-bin/webscr?cmd=_email-payments-overview-outside
easy myShopのご利用例を以下に記載します。
店長ナビ＞開店設定＞ショップ設定＞支払方法
こちらに自由項目でPayPal決済を設定していただき、保存します。
（通常のPayPal決済を選択されると手数料を加味していない決済となってしまう為）
注文受付後、PayPalにて注文金額に手数料を加えた料金のメール決済手続きを行い、お客様に対して案内します。
次に、注文データへ手数料を追加します。
受注待ち注文一覧の対象となる注文の詳細ボタンを押します。
「決済手数料・注文オプション・ポイントを変更する」ボタンを押して
決済手数料に料金を入力後、保存ボタンを押します。
その後、受注処理を行いお客様に対しお知らせします。
※こちらの場合は、注文時に料金が表示されませんので、
サイト内で「PayPalをご利用のお客様は注文後に手数料をご案内します」などの案内文を記載してください。
（注文受付自動メールに記載されるのもいいかと思われます）
複雑な運用方法となり大変恐縮です。
ご不明な点などがあれば、気軽にお尋ねください。